La historia de los piratas en Cozumel comienza desde el siglo XVI, los continuos conflictos entre las potencias marítimas europeas se trasladaron hacia el nuevo continente, especialmente con la práctica de la piratería.
Patrocinados inicialmente por monarcas y compañías particulares en contra de los intereses de la Corona Española.
Después, estos piratas se constituyeron en grupos independientes que asolaron por espacio de tres siglos las costas y embarcaciones marítimas en el Mar Caribe.
Llamados también bucaneros, corsarios o pichilingues, estos piratas se establecieron en territorio aún fuera del control de la corona española en Yucatán, Isla de Pinos, Isla Tortuga y otras islas del Caribe. Además de los saqueos y el contrabando de esclavos, los piratas se dedicaron al corte ilegal y extracción del palo de tinte para venderlo en Europa.
Alrededor de 1620 un grupo de personas fueron expulsados por los españoles de la isla de Santo Domingo; eran conocidos como “bucaneros” porque en un inicio se dedicaban a cazar animales y para conservar la carne utilizaban una forma llamada “bucan” que aprendieron de los indios arawakos (habitantes de las islas antillanas y región circuncaribe). Se establecieron en la isla tortuga (frente Haití), entre otros sitios, en donde pronto se dedicaron al comercio clandestino.
Formaron núcleos de población y establecieron sus propias leyes, no existía nacionalidad ni credo. No existía propiedad privada de tierra ni de animales, sólo el botín era privado, de quienes habían expuesto la vida para conseguirlo. Coincidían en organizarse para su defensa y más para el ataque. Así es como surgen los piratas que ponían en peligro las rutas del comercio español.
Para 1654, los españoles invaden la Isla tortuga y entre los pocos piratas que lograron huir se encuentra el escocés Peter Wallace. Éste se refugió en la zona casi deshabitada de Belice. Wallace descubrió en la explotación del palo de tinte un medio de enriquecimiento sencillo y menos peligroso; éste se utilizaba como colorante en la industria textil, era muy cotizado en Londres.
Siglo XIX
Los otros piratas exiliados establecieron alianzas con rebeldes mayas y con aquellos que asediaban poblaciones como la de Isla Cozumel e Isla mujeres. Para el siglo XIX Jean Lafitte, Molas y Mundaca eran los piratas que aprovechaban las rebeliones indígenas y el abandono de la región y controlaban las costas orientales de la península de Yucatán. Lafitte y su hermano se dedicaban al comercio de esclavos y tenían numerosos refugios y partidarios en Isla Cozumel.
El siglo XIX fue decisivo para el caribe en donde se debatía el destino de pueblos nuevos con población nativa. Alejada del centro de México y la Nueva España. La península debió establecer durante el período colonial algunos sistemas para la defensa de sus costas y poblados.
Ante el constante peligro de guerras, ataques de piratas y revueltas indígenas la población de las islas y costa caribeña fue forzada a trasladarse al interior de la Península, quedando parte del territorio casi despoblado y fuera del control de la autoridad española.